当館のメイン展示のひとつであり、全体の約半分のスペースを占めるヒストリーゾーン。ここでは、日本の鉄道がスタートした明治時代初期から現代まで鉄道技術や鉄道システムの変遷・歴史をそれぞれの時期・テーマごとに紹介しています。御料車６両を含む鉄道車両３６両の実物車両の展示を中心に、当時の貴重な資料や実物車両を縮小して作った精巧な模型などを展示しています。さらに、各エリアの見どころとして、その時代の鉄道の様子がより実感できるよう、当時の鉄道風景を資料や写真をもとに再現した「情景再現」という展示演出もおこなっています。
下のボタンを押すと、その時代の車両の説明があらわれ、上の平面図上の車両番号をクリックすると該当車両の記事があらわれます。
※車両の配置は2015年12月14日現在のものです。今後変更になる場合があります。
新体験展示 
画像合成システム「はいっチャオ！」
博物館収蔵の貴重な鉄道写真などにお客さまご自身の姿が合成される新展示を設置しました。
来館記念としてプリントサービスも実施します。
（1枚300円）
歴史を物語る写真には、あたかもその時代にタイムスリップしたような体験ができます。
鉄道歴史年表の一部がさらに
魅力的にリニューアル！
- 昭和30年代からＪＲ発足までのゾーンにおいて、鉄道史における画期がわかるように展示テーマを再構成しました。
- これまで未公開のきっぷ、スタンプなどを公開し、鉄道模型の内部照明を点灯させて、展示車両の内部構造がわかるようになりました。
